Lors de l’affinage il est procédé aux opérations suivantes :

 Séchage et Saumurage
 Affinage en cave froide
 Affinage en cave tiède
 Tri et Classement.

Saumurage, séchage, passage en cave froide :

Le fromage tel qu’il apparaît au sortir de la presse est un fromage qui n’est pas consommable : il est indigeste et ne possède aucun goût. C’est l’affinage qui va développer les qualités gustatives propres à chaque fromage. Les opérations d’affinage commencent par le salage, effectué généralement en saumure pendant 2 ou 3 jours. La température de la cave à saler ne doit guère dépasser les 10 - 12 degrés. Après l’opération de salage, les fromages sont nettoyés et lavés plusieurs fois et les foncets changés. Les fromages demeurent ainsi entre 10 et 14 jours en cave froide à une température d’environ 12 °C, retournés et nettoyés tous les jours.

Passage en cave chaude :

Ils passent ensuite en cave de fermentation. Cette cave dite « cave chaude » est maintenue à une température comprise entre 20 et 22 °C. C’est pendant ce passage en cave chaude que les fromages vont évoluer, fermenter et prendre de l’ouverture. La température et l’hygrométrie sont soigneusement vérifiées et chaque fromage fait l’objet d’une attention particulière. La fermentation principale est achevée en 8 à 12 semaines. Les fromages sont alors stockés et finissent leur lent affinage dans une cave à température beaucoup plus fraîche toujours dans une ambiance hygrométrique contrôlée. Il sont encore retournés régulièrement et les foncets sont changés. Un frottage au sel est effectué à chaque retournement. Quatre mois après sa naissance, le fromage atteint sa maturité et se trouve prêt à être consommé, mais il peut être stocké jusqu’à 10 mois.

Les critères de choix :

 Le classement des gruyères se fait sur de nombreux critères dont la fameuse présence de trous. L’analyse de toutes les caractéristiques des trous (position, grosseur, forme), de la pâte, de la croute etc… a donné naissance à un vocabulaire très imagé qui permet de classer un emmental.

 Les trous sont dénommés « ouvertures », les défaut des ouvertures donnent lieu aux appellations suivantes : fromage massif, aveugle, ouverture chargée, 500 trous, 1000 trous, nid 1000 trous, bande de lard, grosses ouvertures, petites ouvertures, cuite, peau d’orange, coquille, ouvertures filamenteuses, ouvertures retombées, ouvertures secondaires, petit œil, œil mat, œil brillant…

 Les défaut d’aspect de la pâte se présentent sous la forme de becs de lainures, lainures, éraillures, aspect feuilleté, marbre, points blancs, bicoloration, pâte gris de plomb, encre lavée, rouge des rayons, tâche rouge en talon, pâte cassante, pâte ferme, pâte trop faite…

 La croûte peut présenter des défauts de cassure, gerçures, déchirures, fissures ou bien être piquée…

 La forme du fromage peut aussi être défectueuse, fromage détalonné, en casquette, en cuvette, forme étendue, fromage fendu …

L’appellation Emmental Savoie :

Dans le cadre de l’appellation Emmental de Savoie, le fromage est analysé au mois 75 jours après sa fabrication en suivant des critères de classement visuels, et un sondage par prélèvement d’une « carotte ». Ce coup de sonde permet de se rendre compte visuellement de la qualité interne de la pâte, aspect visuel, couleur, arôme.
D’autres critère rentrent en ligne de compte, quelquefois inattendus, tels le test par percussion, le « sonnage » : Le fromage doit rendre un son particulier, surtout ne pas sonner creux ni « mou ». Ce seul test pratiqué par des personnes habituées permet déjà une bonne appréciation de la qualité du fromage.

Le classement s’effectue en quatre catégories : premier choix (label Savoie), second choix, déclassé (rapé), fonte. Le conditionnement est effectué par emballage sous vide ce qui permet également de conserver le fromage en chambre froide en stoppant son évolution. Il est ainsi disponible à la vente pendant plusieurs mois.